（文章篇）S5E22: SNP与甲基化结合的研究是怎么做的？

2023-04-19 23:50:29

在上一期，我们介绍了SNP分别与microRNA、lncRNA结合的基金和文章，今天我们看SNP与甲基化结合的基金与文章，并寻找科研的机会。

首先，我们通过“SNP和甲基化”一共检索到18项基金：

  1. 结直肠癌中DNA甲基化与SNP热点相关性研究 201601

  2. CDH1基因启动子区-73SNP影响DNA甲基化的机制 201601

  3. P2RY12基因多态性及启动子区DNA甲基化对氯吡格雷抵抗的影响机制与定量研究 201601

  4. 水稻糖基转移酶基因编码序列DNA甲基化多态性及进化研究 201601

  5. 基于DNA甲基化研究OCM基因多态性与丙戊酸致畸易感性的关系 201601

  6. 基因组随机扩增序列SNP多态性及甲基化多态性（AFSM） 201401

  7. 砷代谢相关酶基因多态性对其甲基化代谢及中毒发病风险的影响 201401

  8. 尼古丁成瘾易感基因甲基化及多态性位点的基因表达调控研究 201401

  9. BDNF基因多态性及DNA甲基化差异与创伤后应激障碍内表型的研究 201301

  10. 凝血因子VII基因多态性及启动子甲基化在颅脑创伤性凝血功能障碍发生中的作用 201301

  11. MicroRNA-34b/c基因启动子区多态性及其甲基化与肾癌遗传易感性及其机制研究 201301

  12. 低硒与胶原基因多态性及DNA甲基化在大骨节病中联合作用研究 201301

  13. 奶山羊HPA轴关键基因甲基化修饰的时空特征及其与SNP共调控泌乳性能研究 201201

  14. 砷代谢酶基因多态性对地砷病易感性及尿砷甲基化代谢水平的影响 201101

  15. 云南汉族系统性红斑狼疮患者TLR9基因多态性与启动子甲基化状态分析 201101

  16. 广西巴马县长寿家庭成员四个载脂蛋白基因多态性和甲基化水平的研究 201101

  17. 中国杂交籼稻主要亲本DNA甲基化多态性与遗传稳定性研究 201101

  18. 胃癌易感相关基因CpG岛甲基化和单核苷酸多态性研究 200201

总体来看，SNP与甲基化结合的基金分为两类：一类直接分析某一或某些基因的甲基化修饰和SNP与疾病的关系，另一类特别关注于基因启动子区域的SNP位点对基因甲基化修饰和表达的影响，两者一个是相关性，一个偏重于分子机制。

下面我们通过2篇文章案例分别来看SNP与基因甲基化的关系的两种模式：

1. The TERT promoter SNP rs2853669 decreases E2F1 transcription factor binding and increases mortality and recurrence risks in liver cancer.Oncotarget（IF 5.0）. 2016 Jan 5;7(1):684-99.


在SNP位点和TERT启动子-124C>T突变共同存在下，DNMT1（DNA methyltransferase 1 ，DNA甲基转移酶1）和HDAC1（histone deacetylase 1 ,组蛋白去乙酰酶1）与基因TERT的启动子结合发生变化，导致TERT的启动子被甲基化，从而抑制转录因子E2F对基因TERT的转录调控，导致TERT表达上调，促进肝癌发生发展。


2. The MGMT promoter SNP rs16906252 is a risk factor for MGMT methylation in glioblastoma and is predictive of response to temozolomide.Neuro Oncol（IF 7.3）. 2015 Dec;17(12):1589-98. doi: 10.1093/neuonc/nov064. Epub 2015 Apr 24.

通过两组病人分析MGMT（O6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶）的SNP位点rs16906252的T基因型与胶质瘤发展、MGMT基因的甲基化水平、MGMT蛋白的表达水平以及替莫唑胺治疗胶质瘤病人后预后的关系，研究以检测统计分析性工作为主。



上面我们分别通过基金和文章介绍了SNP与甲基化结合的两种模式，下次我们展开讲一篇文章：Allele-specific DNA methylation capacitates PEAR1 enhancer activity. Blood. 2016 Jun 16.，看这两种模式的结合研究方法和思路。

SNP与甲基化相关文章：

  1. Aberrant allele-switch imprinting of a novel IGF1R intragenic antisense non-coding RNA in breast cancers. Eur J Cancer. 2015 Jan;51(2):260-70.（这篇文章涉及到一条新lncRNA IRAIN，大家选择使用哈）

  2. SNP rs16906252C>T is an expression and methylation quantitative trait locus associated with an increased riskof developing MGMT-methylated colorectal cancer. Clin Cancer Res. 2016 Jun 7.

  3. Polymorphic tandem repeats within gene promoters act as modifiers of gene expression and DNA methylationin humans. Nucleic Acids Res. 2016 May 5;44(8):3750-62.


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